Заповедник создан для охраны типичной природы тайги и высокогорной тундры гор Южной Сибири. В горах хорошо выражена высотная поясность; темнохвойная пихтовая, пихтово-кедровая и кедрово-лиственничная тайга сменяется поясом субальпийского редколесья, а ещё выше - альпийским поясом, где имеются кустарниковые тундры и альпийские луга, щебнисто-лишайниковые и каменистые тундры. Из животных характерны - марал, лось, кабарга, сибирский козерог, косуля, бурый медведь, соболь, барсук, белка, бурундук, колонок, снежный барс, улар, белая и тундряная куропатки, глухарь, рябчик, тетерев.

Состав лесов на территории заповедника варьирует. На севере преобладают

 пихтарники, на юге – кедрово-пихтовые и кедровые леса, сменяющиеся лиственничными.  Лихенологические обследования 1988 года проводились нами на пихте сибирской в пихтарниках и пихтово-кедровых лесах, а также на  сосне обыкновенной. Количественные сборы эпифитных лишайников проводились методом линейных пересечений по стандартной методике.   Пробные площади заложены в районе пос. Яйлю, залива Камга, рек Малый Шалган, Камга, Ольга, Кокши,  изб Перевальной и Аданыш.  Был создан гербарий лишайников Алтайского заповедника (преимущественно эпифитные виды), позднее сгоревший во время пожара.

Полезные ссылки:

http://ecoclub.nsu.ru/altayzap/publications.htm

http://russia.rin.ru/guides/6310.html